Polipeptit peptid zincirinin tasarım şeması ve çözümü

I. Özet
Peptitler, dizileri kimyasal ve fiziksel özellikleri bakımından olağandışı olan özel makromoleküllerdir.Bazı peptitlerin sentezlenmesi zordur, diğerlerinin ise sentezlenmesi nispeten kolaydır ancak saflaştırılması zordur.Pratik sorun, çoğu peptidin sulu çözeltilerde az çözünür olmasıdır, bu nedenle saflaştırmamızda hidrofobik peptidin karşılık gelen kısmının sulu olmayan çözücüler içinde çözülmesi gerekir. Bu nedenle, bu çözücülerin veya tamponların kullanımla ciddi şekilde tutarsız olması muhtemeldir. Teknisyenlerin peptidi kendi amaçları için kullanmaları kesinlikle yasaktır, böylece araştırmacılar için peptid tasarımının çeşitli yönleri aşağıda verilmiştir.

Polipeptit peptid zincirinin tasarım şeması ve çözümü
İkincisi, sentetik zor peptidlerin doğru seçimi
1. Aşağı regüle edilmiş dizilerin toplam uzunluğu
15'ten az kalıntıya sahip peptitlerin elde edilmesi daha kolaydır çünkü peptitin boyutu artar ve ham ürünün saflığı azalır.Peptit zincirinin toplam uzunluğu 20 kalıntının üzerine çıktığından, kesin ürün miktarı önemli bir husustur.Birçok deneyde kalıntı sayısını 20'nin altına düşürerek beklenmedik etkiler elde etmek kolaydır.
2. Hidrofobik kalıntıların sayısını azaltın
Özellikle C-terminalinden itibaren 7-12 kalıntı bölgesinde, hidrofobik kalıntıların büyük bir çoğunluğuna sahip olan peptitler, genellikle sentetik zorluklara neden olur.Bu tam olarak yetersiz bir kombinasyon olarak görülüyor çünkü sentezde bir B-katlı tabaka elde ediliyor."Bu gibi durumlarda, ikiden fazla pozitif ve negatif kalıntıyı dönüştürmek veya peptid bileşiminin kilidini açmak için peptidin içine Gly veya Pro koymak yararlı olabilir."
3. "Zor" kalıntıların aşağı regülasyonu
"Genellikle kolayca sentezlenemeyen çok sayıda Cys, Met, Arg ve Try kalıntısı vardır."Ser tipik olarak Cys'e oksidatif olmayan bir alternatif olarak kullanılacaktır.
Polipeptit peptid zincirinin tasarım şeması ve çözümü

Üçüncüsü, suda çözünür maddenin doğru seçimini geliştirin
1. N veya C terminalini ayarlayın
Asidik peptidlere (yani, pH 7'de negatif yüklü) göre, asetilasyonun (N-terminal asetilasyonu, C terminalinin her zaman serbest bir karboksil grubunu muhafaza etmesi) negatif yükü arttırmak için özellikle tavsiye edilir.Bununla birlikte, bazik peptitler için (yani pH 7'de pozitif yüklü), aminasyonun (N-terminalinde serbest amino grubu ve C-terminalinde aminasyon) pozitif yükü arttırmak için özellikle tavsiye edilir.

2. Diziyi büyük ölçüde kısaltın veya uzatın

Dizilerden bazıları, Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr ve Ala vb. gibi çok sayıda hidrofobik amino asit içerir. Bu hidrofobik kalıntılar %50'yi aştığında, bunların çözülmesi genellikle kolay değildir.Peptitin pozitif ve negatif kutuplarını daha da artırmak için diziyi uzatmak yararlı olabilir.İkinci seçenek, hidrofobik kalıntıları aşağı doğru düzenleyerek pozitif ve negatif kutupları artırmak için peptid zincirinin boyutunu aşağı doğru düzenlemektir.Peptit zincirinin pozitif ve negatif tarafları ne kadar güçlü olursa suyla reaksiyona girme olasılığı da o kadar artar.
3. Suda çözünebilen bir kalıntı koyun
Bazı peptid zincirleri için bazı pozitif ve negatif amino asitlerin kombinasyonu suda çözünürlüğü arttırabilir.Şirketimiz, asidik peptidlerin N-terminalinin veya C-terminalinin Glu-Glu ile birleştirilmesini önermektedir.Temel peptidin N veya C terminali verildi ve ardından Lys-Lys verildi.Yüklü grup yerleştirilemiyorsa Ser-Gly-Ser N veya C terminaline de yerleştirilebilir.Ancak peptit zincirinin kenarları değiştirilemediğinde bu yaklaşım işe yaramaz.