Hücre penetrasyon peptitleri, hücre zarına kolayca nüfuz edebilen küçük peptitlerdir. Bu molekül sınıfı, özellikle hedefleme fonksiyonlarına sahip CPP'ler, hedef hücrelere verimli ilaç verimi için vaat etmektedir.
Bu nedenle, üzerindeki araştırmanın belirli bir biyomedikal önemi vardır. Bu çalışmada, farklı transmembran aktiviteleri olan CPP'ler, sekans seviyesinde incelenmiştir, CPP'lerin transmembran aktivitesini, farklı aktivitelere ve CPP'lere sahip CPP'ler arasındaki dizi farklılıklarını etkileyen faktörleri bulmaya çalışılmış ve biyolojik sekansları analiz etmek için bir yöntem sunmuştur.
CPPS ve CPPS olmayan sekanslar, CPPSITE veritabanından ve farklı literatürlerden elde edildi ve veri kümelerini oluşturmak için CPPS sekanslarından yüksek, orta ve düşük transmembran aktivitesine sahip transmembran peptitleri (HCPPS, MCPP'ler, LCPP'ler) ekstrakte edildi. Bu veri setlerine dayanarak, aşağıdaki çalışmalar yapılmıştır:
1, farklı aktif CPP'lerin ve CPP'lerin amino asit ve ikincil yapı bileşimi ANOVA ile analiz edildi. Amino asitlerin elektrostatik ve hidrofobik etkileşimlerinin CPP'lerin transmembran aktivitesinde önemli bir rol oynadığı ve sarmal yapı ve rastgele sarının da CPP'lerin transmembran aktivitesini etkilediği bulunmuştur.
2. İki boyutlu düzlemde farklı aktivitelere sahip CPP'lerin fiziksel ve kimyasal özellikleri ve uzunlukları gösterilmiştir. Farklı aktivitelere sahip CPP'lerin ve CPP'lerin bazı özel özellikler altında kümelenebileceği ve HCPP'ler, MCPP'ler, LCPP'ler ve CPP'lerin farklılıklarını gösteren üç kümeye ayrıldığı;
3. Bu yazıda, biyolojik sekansın fiziksel ve kimyasal sentroid kavramı eklenir ve sekansı oluşturan kalıntılar partikül noktaları olarak kabul edilir ve dizi araştırma için bir parçacık sistemi olarak soyutlanır. Bu yöntem, PCA yöntemi ile 3D düzlemine farklı aktivitelere sahip CPP'leri yansıtarak CPP'lerin analizine uygulanmıştır ve çoğu CPP'nin birlikte kümelenmiş ve bazı LCPP'lerin CPP'lerle birlikte kümelenmesi bulunmuştur.
Bu çalışmanın CPP'lerin tasarımı ve farklı aktivitelere sahip CPP'lerin dizilerindeki farklılıkları anlama üzerindeki etkileri vardır. Ek olarak, bu makalede sunulan biyolojik sekansların fiziksel ve kimyasal sentroidinin analiz yöntemi, diğer biyolojik problemlerin analizi için de kullanılabilir. Aynı zamanda, bazı biyolojik sınıflandırma problemleri için giriş parametreleri olarak kullanılabilir ve örüntü tanımada rol oynarlar.
Gönderme Zamanı: 2025-07-02