Hücreye nüfuz eden peptitler, hücre zarına kolayca nüfuz edebilen küçük peptitlerdir.Bu molekül sınıfı, özellikle hedefleme fonksiyonlarına sahip CPP'ler, hedef hücrelere etkili ilaç dağıtımı konusunda umut vaat ediyor.
Bu nedenle, bunun üzerine yapılan araştırmanın belirli bir biyomedikal önemi vardır.Bu çalışmada, farklı transmembran aktivitelerine sahip CPP'ler dizi düzeyinde incelenmiş, CPP'lerin transmembran aktivitesini etkileyen faktörleri, farklı aktivitelere sahip CPP'ler ile CPP olmayanlar arasındaki dizi farklılıklarını bulmaya ve biyolojik dizileri analiz etmek için bir yöntem tanıtmaya çalışmıştır.
CPP'ler ve CPP Olmayan diziler, CPPsite veri tabanından ve farklı literatürlerden elde edildi ve yüksek, orta ve düşük transmembran aktivitesine sahip transmembran peptidleri (HCPP'ler, MCPP'ler, LCPP'ler), veri setleri oluşturmak için CPP dizilerinden ekstre edildi.Bu veri setlerine dayanarak aşağıdaki çalışmalar yapılmıştır:
1, Farklı aktif CPP'lerin ve CPP Olmayanların amino asit ve ikincil yapı kompozisyonu ANOVA ile analiz edildi.Amino asitlerin elektrostatik ve hidrofobik etkileşimlerinin CPP'lerin transmembran aktivitesinde önemli rol oynadığı, sarmal yapı ve rastgele sarmallanmanın da CPP'lerin transmembran aktivitesini etkilediği bulunmuştur.
2. Farklı aktivitelere sahip CPP'lerin fiziksel ve kimyasal özellikleri ile uzunlukları iki boyutlu düzlemde gösterildi.Farklı faaliyetlere sahip CPP'ler ve CPP Olmayanların bazı özel özellikler altında kümelenebileceği, HCPP'ler, MCPP'ler, LCPP'ler ve CPP Olmayanların farklılıklarını gösterecek şekilde üç kümeye bölündüğü;
3. Bu yazıda biyolojik dizinin fiziksel ve kimyasal merkezi kavramı tanıtılmış, diziyi oluşturan kalıntılar parçacık noktaları olarak kabul edilmiş ve dizi araştırma için bir parçacık sistemi olarak soyutlanmıştır.Bu yöntem, farklı aktivitelere sahip CPP'lerin PCA yöntemiyle 3 boyutlu düzleme yansıtılmasıyla CPP'lerin analizine uygulandı ve CPP'lerin çoğunun bir arada kümelendiği ve bazı LCPP'lerin CPP Olmayanlarla birlikte kümelendiği bulundu.
Bu çalışmanın CPP'lerin tasarımına ve farklı faaliyetlere sahip CPP'lerin dizilerindeki farklılıkların anlaşılmasına yönelik çıkarımları vardır.Ek olarak, bu yazıda tanıtılan biyolojik dizilerin fiziksel ve kimyasal merkezlerinin analiz yöntemi, diğer biyolojik sorunların analizi için de kullanılabilir.Aynı zamanda bazı biyolojik sınıflandırma problemlerinde girdi parametresi olarak kullanılabilirler ve örüntü tanımada rol oynayabilirler.
Gönderim zamanı: Haziran-15-2023